Beim Bund entstanden 2020 Ausgaben für die Tests in der Höhe von 420 Millionen Franken sowie 2,3 Milliarden Franken im Jahr 2021. Für das Jahr 2022 werden 1,6 Milliarden Franken an Kosten für die Tests erwartet.

Bei der obligatorischen Krankenkasse machte die Behandlung der hospitalisierten Personen den Grossteil der Kosten aus: Laut aktualisierten Schätzungen zwischen 230 und 274 Millionen Franken im Jahr 2020 und zwischen 280 und 300 Millionen Franken im Jahr 2021. Hinzu kommen die Impfkosten, im Jahr 2021 rund 264 Millionen Franken.

Für die Kantone wird der Kostenanteil für Hospitalisierungen in den Jahren 2020–2021 auf 625 bis 739 Millionen Franken geschätzt. Die übrigen von den Kantonen getragenen Kosten konnten noch nicht quantifiziert werden. Dazu gehören die Bereitstellung besonderer Kapazitäten zur Bewältigung der Pandemie wie Personal und Infrastruktur für die Impfung, für die Verteilung medizinischer Güter sowie für Tests. 

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